L’acqua caratterizza il suo fertile territorio, che si distende nella valle del rio Cixerri ed è irrorato da altri affluenti del fiume principale, alimentati dalle sorgenti del vicino monte di Domusnovas. Musei è un paese di oltre mille e 500 abitanti facilmente raggiungibile dalla statale 130 che collega Iglesias a Cagliari, il cui curioso toponimo, ha origini oscure. Citato come Musej nei registri delle rendite pisane (1323) e come Musey in un documento del Codex Diplomaticus Sardiniae (pochi anni dopo), successivamente, nel Medioevo e fino al XVII secolo, si chiamava Villa di Prato, appartenuta prima al giudicato di Calari e dal 1257 alla famiglia pisana dei Della Gherardesca, un tempo proprietari del castello di Acquafredda, nel territorio di Siliqua, al centro della valle. In coincidenza con l’arrivo dei gesuiti, il nome cambiò: forse lettura del nome Iesum al contrario oppure corruzione della parola moisè, insediamento di ebrei qui impiantato, o ancora dal termine semitico mosià (mansione). Fu proprio la compagnia di Gesù, cui il paese fu lasciato in eredità nel 1607 dal feudatario (e protettore dei gesuiti) Monserrato, figlio di Elena Nicolau, noto umanista e giudice della reale Udienza, a guidare la nascita del nuovo centro. Furono costruiti una chiesa tardo-barocca, dotata di pregevoli opere, tra cui una croce astile laminata in argento, e il convento di sant’Ignazio di Loyola, patrono fondatore della compagnia di Gesù, celebrato a fine luglio. Intorno sorsero le abitazioni. I gesuiti, oltre che dedicarsi ad apostolato e attività culturale, diedero anche nuovo impulso ad agricoltura, in particolare coltivazioni di grano e vigneti, e allevamento, per il quale nel Settecento il paese era uno dei più rinomati nell’Isola. Da qui nasce la forte tradizione agropastorale dell’attuale Musei.

La fertilità del territorio ha da sempre attirato popoli in quest’area. Le presenze umane nell’Antichità sono testimoniate da nuraghi e reperti punici e romani, in particolare un sito vicino all’antico villaggio Arruinalis, dove si ritrovano fondamenta di edifici antichi.