Non si sa per certo quando i francescani giunsero a Iglesias: secondo una teoria erano presenti già al tempo della dominazione pisana, altri ipotizzano l’arrivo a seguito della presa di potere da parte della Corona aragonese (1324), che impose in città l’ordine religioso da lei preferito. In entrambi le ipotesi, il primo impianto della chiesa di san Francesco, uno dei principali esempi di architettura gotico-catalana in Sardegna, dovrebbe esser sorto successivamente. Non è chiaro neppure se l’edificio fosse impostato su preesistenti strutture benedettine, in ogni caso l’attuale costruzione è un rifacimento del XVI secolo, con successivi interventi che non ne hanno modificato l’aspetto generale. A confortare la genesi, sono d’aiuto alcune incisioni degli elementi decorativi: un capitello e un’acquasantiera riportano la data 1558, nelle cappelle ai lati del presbiterio compare invece l’anno 1584.