Il museo è situato a Stintino, in uno stabile realizzato nel 1995, diviso in 6 "camere" come la tonnara vera e propria: camera grande, camera bordanello, camera bordonaro, camera bastardo, camera di ponente e camera della morte.

La costruzione, che ruota intorno ad una tonnara ricostruita in modello perfettamente simile ad una delle tante tonnare calate a Stintino sino agli anni Settanta del secolo scorso, consiste in una originale struttura modulare progettata con fini itineranti, e richiama esternamente l'architettura delle case tradizionali di Stintino ed internamente la pesca, alle Saline, presso il villaggio.

Il visitatore è indotto a compiere il percorso del tonno, a partire dalla camera grande e fino alla camera della morte, avvicinandosi ai vari aspetti economici, umani e psicologici connessi alla vita della tonnara. Camera rete della tonnara, detta "isola", che veniva calata ogni anno, durante la stagione della grande: oggetti originali in uso presso la tonnara Saline. modellino della stessa tonnara. modellini di barche della flotta della stessa tonnara. oggetti a carattere religioso, di protezione della pesca, appartenuti alla chiesa della tonnara. Camera bordanello: si analizzano gli aspetti della biologia del tonno, le rotte dei tonni nel Mediterraneo con localizzazione della tonnare alla fine dell'Ottocento, i metodi di pesca oggi utilizzati. Camera bordonaro: illustra la storia e l'organizzazione delle tonnare del golfo dell'Asinara e in particolare della tonnara Saline, con diari e documenti d'archivio. un video documenta le fasi della lavorazione del tonno. Camera bastardo: è dedicata alla storia della pesca del tonno. Camera di ponente: mostra di immagini della tonnara realizzate da artisti contemporanei. fotografie della tonnara Saline dalla fine dell'Ottocento agli anni Settanta del secolo scorso, con la chiusura della stessa. Camera della morte: è dedicata alla mattanza dei tonni. In particolare, nel museo vengono riproposti i colori e le immagini che accompagnavano quella solenne liturgia che si concludeva con la morte del tonno e la festa dei tonnarotti.

Il museo vuole essere un tributo a tutti coloro che per anni hanno operato nel settore della pesca del tonno, dai proprietari ai Rais, dalle maestranze della ciurma di terra ai tonnarotti. Il pezzo forte consiste nella vasta collezione di fotografie e quadri della Tonnara a partire dalla fine dell'Ottocento, oggetti originali di uso comune che venivano utilizzati dalla Tonnara Saline dalla ciurma, ricordi della storia delle Tonnare del Golfo dell'Asinara ed in particolare della Tonnara Saline.