Il Museo, situato nell'abitato di Castiadas, è ubicato nell'ala della direzione dell'ex colonia penale, costruita nel 1877.

L'11 agosto del 1875 sbarcarono sulla vicina spiaggia di Cala Sinzias trenta detenuti e sette agenti di custodia della casa penale di San Bartolomeo di Cagliari, guidati dall'ispettore delle carceri Eugenio Cicognani. Dovevano eseguire opere di bonifica idraulica ed agraria della campagna, rimasta incolta e disabitata dall'età aragonese a causa della malaria e delle frequenti epidemie di peste.

La colonia penale, con la direzione, le prigioni o mandre, la caserma delle guardie, il presidio militare, le strutture di servizio (officine di fabbri e carpentieri), l'infermeria, sorse su una collinetta di nome Praidis, tra due fiumicelli. Col tempo fu realizzata un fitta rete di strade e infrastrutture, e furono bonificate le aree dove dovevano sorgere i dieci distaccamenti della colonia, secondo un'organizzazione produttiva di tipo autarchico, che non escludeva però la commercializzazione dei prodotti. Si coltivavano legumi e cereali, gelsi, ulivi, aranci, mandorli e limoni, vigneti, produceva carbone vegetale, si allevavano bovini, ovini e suini. Il tutto sotto un durissimo regime di disciplina e in situazioni igieniche e sanitarie tali (malaria, ma anche tubercolosi, febbri tifoidee, gastroenteriti) da determinare la morte di molti detenuti. Fatti che non mancarono di sollevare l'indignazione pubblica, col risultato di un progressivo miglioramento delle condizioni di vita dei condannati.

Durante il fascismo il territorio, ormai trasformato, passò all'ente Ferrarese di colonizzazione delle terre incolte, poi divenuto Ente Sardo. La colonia penale cessò di esistere nel 1952 con la nascita dell'ETFAS, Ente di Trasformazione Fondiaria Agraria della Sardegna. Con i suoi 6253 ettari, era stata la più grande delle colonie penali agricole intermedie d'Italia.

La colonia penale è oggi in fase di ristrutturazione. Il progetto consiste nel destinare gli ambienti al lavoro artigianale dei settori tradizionali, come la costruzione delle botti, la cestineria, la lavorazione delle corde e dei tappeti. L'ala della direzione ospita il percorso che documenta la storia del carcere. Il tema principale consiste in uno spaccato delle tradizioni locali e di vita carceraria. È strutturato su 2 piani: piano terra, con 2 corridoi. primo piano con un corridoio e terrazzo. Una decina di stanze si affacciano sul corridoio. Alcuni ambienti presentano arredamenti della tradizione locale, vestiario, sculture e dipinti. Oltre alla direzione, sono visitabili le celle di massima punizione e la villa del direttore.