Icnografia, tecnica muraria ed elementi di spoglio inseriti nella fabbrica consentono di datare l'impianto tra il 1140 ed il 1160. Era relativo a una chiesa romanica ad aula unica, con ampia abside semicircolare orientata a N/E di cui sono stati rinvenute e lasciate a vista le fondamenta e un tratto di spiccato. Del titolo si ha prima menzione in una lettera del 1291, inviata da papa Nicolò IV all'arcivescovo cagliaritano Percivalle (1290-95), con la quale si concedeva l'indulgenza ai fedeli che avessero visitato la cattedrale di Cagliari e la chiesa di Sant'Agata in Quarto in occasione della festività di Santa Maria e delle rispettive patrone. Nel 1280-300 la chiesa venne ricostruita da maestranze locali sulle stesse fondazioni e con il riutilizzo di materiali. Ebbe sempre navata unica ma abside rettangolare voltata a crociera, derivante dal San Francesco di Stampace a Cagliari, edificato da maestranze pisane tra il 1274 ed il 1285 secondo modi costruttivi gotici. Nel 1365, assieme a una vasta area circostante, faceva parte del patrimonio vescovile, come si deduce dall'inventario delle rendite ecclesiastiche cagliaritane riguardante i beni non provenienti da ordini monastici. Si può quindi supporre che sia stata di proprietà vescovile anche in tempi precedenti. Nel 1599, come risulta dalla visita pastorale dell'arcivescovo di Cagliari Lasso Sedeño, la chiesa era in stato di grave degrado e se ne ordinava la riparazione. Nel 1631 il vescovo Ambrogio Machin donò la chiesa e le sue pertinenze ai padri cappuccini, giunti a Cagliari nel 1590, che la restaurarono apportandovi pesanti modifiche per adattarla alle loro esigenze liturgiche: ricostruirono la facciata, sostituirono la copertura lignea della navata con volte a botte ed a crociera e suddivisero lo spazio dell'aula in modo da ottenere un ampio presbiterio ed un coro retrostante, comprendente l'antica abside rettangolare. Entro il 1702, tra i contrafforti del fianco destro, sempre secondo lo schema caratteristico delle chiese cappuccine, furono costruite tre cappelle. Al fianco sinistro fu annesso il convento della cui struttura originaria rimangono alcuni ambienti ed il chiostro con la grande cisterna Il nuovo complesso religioso fu intitolato a San Francesco. I lavori si protrassero a lungo soprattutto grazie ai lasciti testamentari nell'arco di più di dieci anni a partire dal 1633. Nel 1866 l'intero complesso fu incamerato ai Beni dello Stato e, nel 1868, ceduto al Comune di Quartu, che lasciò la chiesa aperta al culto ed officiata dagli stessi Cappuccini. dal 1886 risulta affidata al clero della parrocchia di Sant'Elena. Il convento, sottoposto a pesanti rimaneggiamenti che ne hanno sconvolto l'assetto originario, è stato adibito a scuola e nel 1925 dato in concessione al sacerdote quartese Virgilio Angioni, fondatore dell'Istituto del Buon Pastore, per istituirvi un ricovero per poveri ed un ospedale. In seguito divenne, sino al 1985, casa di riposo per anziani. Dal 1902 al 1925 la chiesa fu destinata ad usi civili e restituita al clero di Sant'Elena solo nel 1926. Durante quest'arco di tempo, per rendere lo spazio funzionale alle nuove destinazioni d'uso, furono tamponate alcune nicchie del Sei-Settecento e aperte finestre rettangolari nella seconda e nella terza cappella I lavori di restauro hanno riportato la chiesa - intanto reintitolata a Sant'Agata - il suo aspetto "cappuccino". L'ex convento, restaurato tra il 1993 ed il 2001 con eliminazione delle superfetazioni e messa in luce delle strutture più antiche, accoglie una pinacoteca, un museo ed una biblioteca specialistica. Nella volta della sala adibita a conferenze è stato collocato il grande dipinto murario, del 1899, staccato dalla volta dell'ex Municipio. Bibliografia D. Scano, [i]Storia dell'arte in Sardegna dall'XI al XIV secolo[/i], Cagliari-Sassari, Montorsi, 1907. R. Delogu, [i]L'architettura del Medioevo in Sardegna[/i], Roma, La Libreria dello Stato, 1953. I. Farci, [i]Quartu S. Elena. Arte religiosa dal Medioevo al Novecento[/i], Cagliari, Stef, 1988. R. Coroneo, Architettura romanica dalla metà del Mille al primo '300, collana "Storia dell'arte in Sardegna", Nuoro, Ilisso, 1993, sch. 163. I. Farci-A. Ingegno, [i]La chiesa di Sant'Agata a Quartu Sant'Elena. Rilettura dopo il restauro[/i], Cagliari, Stef, 1994. R. Coroneo, [i]Chiese romaniche della Sardegna. Itinerari turistico-culturali[/i], Cagliari, AV, 2005, p. 94. I. Farci, "Chiesa di Sant'Agata ed ex convento cappuccino di San Francesco in Quartu Sant'Elena", in [i]I gioielli dell'architettura religiosa. Storia, restauri e arredi dallo stile romanico a quello classico[/i], a cura di N. Rossi-S. Meloni, Dolianova, Grafica del Parteolla, 2005. G. Montaldo, "Chiesa di Sant'Agata ed ex convento cappuccino di San Francesco: recupero dell'architettura del monumento", in [i]I gioielli dell'architettura religiosa. Storia, restauri e arredi dallo stile romanico a quello classico[/i], a cura di N. Rossi-S. Meloni, Dolianova, Grafica del Parteolla, 2005.