Ha ‘vissuto’ ben cinque vite: chiesa romanica (e forse anche monastero), chiesa gotica, complesso conventuale dei cappuccini, edificio sconsacrato adibito a casa di riposo, infine nuovamente chiesa aperta al culto. La chiesa di Sant’Agata sorge a ad appena 200 metri dalla basilica di Sant’Elena imperatrice, nell’area un tempo occupata da Quarto josso, uno degli antichi villaggi dai quali ha avuto origine Quartu Sant’Elena. Le prime fonti relative al santuario risalgono al 1291, anno in cui il papa Nicolò IV concesse l’indulgenza a chi avesse visitato la chiesa e la cattedrale di Santa Maria di Cagliari in occasione delle feste dedicate alle due sante. In quel periodo la chiesa fu ricostruita in stile gotico italiano, a una navata con abside quadrangolare.