La sua storia è scolpita nella facciata: la traccia di un portale gotico, sulla destra, è l’unica testimonianza architettonica dell’origine duecentesca. L’anno 1646, inciso sull’architrave, attesta la ricostruzione del prospetto, giunto integro fino a oggi. Progetti di ampliamento, incendi e crolli hanno caratterizzato la vita della chiesa di sant’Apollinare, ‘cuore’ del quartiere di Sassari cui dà nome e che la tradizione indica come nucleo originario della città nel Medioevo. L’antico ingresso, sormontato da un’arcata ogivale, fu murato in occasione dei lavori di ampliamento avviati intorno alla metà del XVII secolo. L’edificio fu esteso in larghezza, incorporando la struttura preesistente, e fu poi pesantemente ristrutturato a seguito di un incendio scoppiato nel 1651. Verso la fine del XIX secolo iniziarono nuovi lavori di restauro, a causa di lesioni a volta e mura laterali, ma a causa del timore di ulteriori crolli si decise di chiudere al culto la chiesa, demolirla quasi completamente e ricostruirla. Furono risparmiati facciata, cappella absidale e campanile settecentesco, il rifacimento delle parti restanti diede all’edificio forme neogotiche.